国内著名第三方支付机构支付宝告诉计世网，电子支付行业面临两个瓶颈：首先关于电子支付相关政策迟迟未能出台，第三方支付等非金融机构缺乏具体的规范和引导，很多时候不知道能做什么不能做什么；其次公众对电子支付的不了解而导致的不信任。由于对这一支付形式的不了解，很多公众对于电子支付的安全性不信任，影响到这一支付形式的普及。但由于经济危机网上贸易得以增加，大大促进电子支付行业发展。以支付宝为例，从2008年初到2009年2月底，用户数飞增至1.5亿，日交易笔数已经达到300多万笔。
虽然行业前景美妙，但是电子支付系统还是面临许多挑战，首先目前国内网络环境依然不安全，木马、钓鱼等网络欺诈形式依然多发，虽然大部分支付公司在安全保护措施方面非常注意，但依然有小部分公司管理不严导致事故发生。虽然国内电子支付偶有发生事故，但根据支付宝方面介绍，在我国使用网银和网上支付实际上是非常安全的。事实上，电子支付的风险率要远远低于通过现金付款，一些大的支付公司甚至可以做到百万分之一(以笔数算)的风险率。对于一些不安全的因素的解决方式，网民首先应该加大对网上支付的安全防范意识，远离木马钓鱼网站，同时要定期对电脑的安全环境进行清理，要正确使用电子支付，多使用数字证书或手机动态口令等方式规避可能存在的风险。其次，主管部门及支付企业应加大规范力度，对系统及管理上的安全隐患定期检查清理。第三，多使用担保交易，确保交易方式的安全。
